芳莲尼师于1935年创立菩提学院，宗旨有三：一、闸扬佛法；二、收容孤幼；三、设立佛化教育。初创时，芳莲尼师作为菩提学院首任住持，掌理院务，亲自宣讲佛理，又先后请道阶、慈航二位法师莅院开示佛法，信徒日增，声誉日隆；后因过劳成疾，于公元1937年农历七月二十二日示寂，世寿三十有六。 芳莲尼师圆寂翌年，由陈宽宗大德（后剃度为慧持尼师）继任正住持，克绍师志，佐以吴宽定、陈慈华，而以王弄书居士为推动主力，于1940年开始创办义学。槟城沦陷期间，先是演本法师莅院宣讲佛理，后慈航法师住院三年多，主要宣讲《楞严经》《法华经》。慈航法师倡议应办佛教教育，培育佛教人才，由于热诚法化，讲《法华经》时菩提学院现三种瑞相：一、龙眼树栽种十年不结果，竟结一大串龙眼果，适逢农历十二月初八日徒众皈依之时，遂采下龙眼供佛及分给大众。二、杨柳栽种多年，亦在同年开花一次，众谓吉祥之兆。三、院门顶于晨五时许现出奇异光彩，对面住家见之不胜惊奇。 日军撤退，义学复办，同时筹创菩提小学。时庄来福先生首先捐开办费，以“菩提学院附设菩提学校”之名称申请注册，1946年1月12日正式成立菩提小学，校舍为租赁。1946年，胡文虎先生经槟城赴仰光，对学院住持为教育苦干的精神颇为感动，慷慨捐出30万元独资兴建全座菩提学院，借以纪念其弟文豹及其弟妇郑亚兰女士，碑亭中“槟城菩提学院兴建新殿宇碑记”记载这一事迹。 1948年7月25日菩提学院举行奠基典礼，1949年12月院众及菩提小学迁入菩提学院新舍，即将右座楼房作为小学校舍，左座楼房为修士及孤幼宿舍，中座大雄宝殿高达七丈，为诵经礼佛之所。1950年4月20日，菩提学院举行落成典礼。菩提学院大雄宝殿也是学习的多功能礼堂，开学毕业典礼都在这里举行。菩提学院内有历代功德主纪念堂，还有佛传墙画。院内有一棵从印度菩提伽耶移植过来的菩提树，树冠上栖息大量蝙蝠，学校拉起细网，防止蝙蝠侵扰学生。 菩提小学最兴盛时有一千多名学生，许多华人子弟不仅在这里受基础教育，而且在这里学习中华传统文化和佛教基础知识。菩提小学多媒体教学非常先进，老师大量运用互联网视频动画等方式，教授学生佛教故事和佛教常识。菩提幼稚园原附设于菩提小学，1958年菩提小学接受政府津贴后，幼稚园则独立出来。 1952菩提学院增设中等职业班两级，由此而孕育菩提中学，1954年菩提中学获教育局批准注册，1962年接受政府津贴，遂改制划分为国民型与独立型两中学。菩提中学是从佛教立场设立，教师办公室内悬挂佛像。菩提中学办学理念提到，秉承佛教扶弱济世精神，肩负传承中华文化使命，提供有素质的华文教育，成为大马国内推行素质教育与落实佛教平等理念的典范学校